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1986年，中山醫(yī)科大學派出以梅驊教授為首的醫(yī)療團隊支援深圳特區(qū)衛(wèi)生事業(yè)，組建了中山醫(yī)科大學深圳醫(yī)療中心。1997年升級為中山醫(yī)科大學深圳泌尿外科醫(yī)院。同年，“中國試管嬰兒之父”中山醫(yī)科大學莊廣倫教授在本院創(chuàng)建深圳首家試管嬰兒中心，也是首批獲得衛(wèi)生部門批準實施輔助生殖技術的生殖醫(yī)學中心之一，最早為深圳市民提供第一代和第二代試管嬰兒技術服務。2003年因中山大學與中山醫(yī)科大學合并，醫(yī)院改制并更名為深圳中山泌尿外科醫(yī)院。醫(yī)院以用精湛的醫(yī)術和高度的責任感承載生命為己任，致力于建設以生殖醫(yī)學為主體，具有領先技術、現(xiàn)代化、區(qū)域性的?？漆t(yī)院。

2009年在深圳市政府支持下，醫(yī)院由羅湖搬遷至福田中心區(qū)，辦醫(yī)條件顯著改善，同年成立生殖與遺傳研究所。截至2019年10月31日，醫(yī)院共有職工377人，其中醫(yī)務人員232人，中高級職稱78人，碩博士49人，海外高層次人才3人。生殖醫(yī)學中心的試管嬰兒治療連續(xù)三年均超過5000取卵周期且逐年遞增，排名深圳第一。截至目前，經(jīng)我院輔助生殖誕生的試管寶寶已近30000名。在深圳市醫(yī)療行業(yè)公眾滿意度調查中連續(xù)多年獲得全市社會辦醫(yī)院滿意度前三名的優(yōu)異成績，連續(xù)十余年榮獲深圳市醫(yī)保信用等級AAA級單位。在丁香園及麥肯錫發(fā)起的「中國醫(yī)療機構最佳雇主評選」中，我院連續(xù)高分獲評為最佳雇主單位。

醫(yī)院于2006年開始探索性開展生殖免疫學研究，并于2010年正式成立生殖免疫診療中心，以解析復發(fā)性流產(chǎn)及反復胚胎種植失敗的病因學和探索臨床干預方案為目標。我院科研秉承科研“源于臨床，服務臨床”的理念，圍繞臨床面臨的實際問題開展應用性基礎研究及前瞻性臨床研究，以期實現(xiàn)對患者的精準診療。近10年來，我院先后組建深圳中山生殖與遺傳研究所、深圳市優(yōu)勢醫(yī)學重點學科（群）-生殖實驗室、博士后創(chuàng)新實踐基地、深圳市圍著床期生殖免疫重點實驗室、深圳市“醫(yī)療衛(wèi)生三名工程”、廣東省圍著床期生殖免疫工程技術研究中心等。承擔國家及省市級科研課題56項，科研經(jīng)費近3000萬元，發(fā)表科研論文465篇，其中SCI論文近60篇，授權國家發(fā)明及實用新型專利18項。同時，我院科研人員承擔了包括《Seminars in Immunopathology》、《Human Reproduction》、《Scientific Report》、《Reproduction》、《American Journal of Reproductive Immunology》、《Journal of Reproductive Immunology》在內的10余本雜志的審稿義務，年均審稿超過50篇。

深圳中山泌尿外科醫(yī)院的學科建設立足國際化視野，自成立之初便向國內外最優(yōu)秀的研究機構學習。2014-2017年，我院連續(xù)主辦或合辦四屆“國際生殖免疫新進展學術研討會”，會議邀請了國內外免疫學、風濕免疫學及生殖免疫學等領域的知名專家學者，就生殖免疫學前沿進展、年度最受關注的熱門基礎研究和臨床治療方向展開精彩的報告與交流。2018年，復旦大學附屬婦產(chǎn)科醫(yī)院與深圳中山泌尿外科醫(yī)院聯(lián)合承辦了“中美聯(lián)合生殖免疫大會暨第38屆美洲生殖免疫大會”，進一步加強我院與國內外生殖免疫領域學者的聯(lián)系與合作。此外，深圳中山泌尿外科醫(yī)院臨床醫(yī)生與科研人員多次受邀參加各類國際和國內學術會議，并在會上做精彩報告和演講，彰顯了我院在生殖免疫學領域的影響力。

深圳中山泌尿外科醫(yī)院通過多種合作形式，不斷提升團隊的核心競爭力。2016年，醫(yī)院引進復旦大學附屬婦產(chǎn)科醫(yī)院李大金教授為首的生殖免疫診療創(chuàng)新團隊，成立生殖免疫聯(lián)合研發(fā)中心。2017-2018年，我院與武漢大學等單位聯(lián)合榮獲全國婦幼健康科學技術二等獎，中華醫(yī)學科技獎二等獎。我院先后聘請了Udo Markert教授, Gil Mor教授, Joanne Kwak-Kim教授, Yehuda Shoenfeld教授, Wenwei Tu教授及Surendra Sharma 教授等國際知名教授作為科學顧問。我院重視人才培養(yǎng)，近年來，醫(yī)院派遣了大量骨干醫(yī)生和科研人員前往國內外知名的高等院校和研究機構深造學習，這些人才正逐步返院服務，為我院學科平臺的進一步提升奠定了堅實的基礎。