病原為黃熱病病毒，屬黃病毒科的黃病毒屬，過去的蟲媒病毒與同屬的登革熱病毒等有交叉免疫反應。病毒顆粒呈球形，直徑37~50nm，外有脂蛋白包膜包紅，包膜表面有刺突。病毒基因組為單股正鏈，分子量約為3.8×106，長約11KB，只含有一個長的開放讀碼框架，約96%的核苷酸在此框架內。黃病毒基因組分為二個區(qū)段：即C蛋白（衣殼蛋白）、M蛋白（膜蛋白）和E蛋白（包膜蛋白）。
E蛋白是主要的包膜糖蛋白，含有病毒血凝素和中和抗原決定簇，可能是某些宿主細胞表面受體的配體，當它與受體結合，可對細胞產生感染。E蛋白樘可能是一種膜融合蛋白，可誘導病毒顆粒的包膜與細胞膜融合，促使病毒顆粒進入細胞而引起感染。M蛋白能導致病毒的感染性增加，并形成病毒顆粒的表面結構。非結構蛋白的作用尚不十分清楚，在病毒免疫反應中可能起重要作用。
黃熱病病毒有嗜內臟如肝、腎、心等（人和靈長類）和嗜神經（小鼠）的特性。經雞胚多次傳代后可獲得作為疫苗的毒力減弱株。易被熱、常用消毒劑、乙醚、去氧膽酸鈉等迅速滅活，在50%甘油溶液中可存活數月，在凍干情況下可保持活力多年。小鼠和恒河猴是常用的易感實驗動物。（實習編輯：宋宇）
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